清能院由深圳市政府资助建设，实行由央企、国企、民企、高校、科研院所广泛参与的理事会领导下的院长负责制，按照创新性的管理体制自主运营，是一家具有独立法人资格的民办非企业新型科技创新机构。作为深圳市十大基础研究机构之一，清能院被赋予科技创新、智力引进、成果转化、资产管理、咨询服务五大职能，承载探索建立科技创新和机制创新“双轮驱动”发展新型模式的使命，将以人为核心、以技术与项目为载体，从本质上激活科技人员的创新动力，建立从技术研发到产业化应用的有效模式，打造创新链、产业链、资金链深度融合的清洁能源科技产业创新平台，秉承“开放、包容、共享、先进”理念，建设世界一流清洁能源研究院。
